教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

古代埃及和罗马人都擅长制造小型的彩色玻璃制品。古代腓尼基在玻璃制造业中也占有重要地位，其中心产地是西顿和安条克等地。在公元4-5世纪的早期基督教教堂中，一些木质窗框中镶嵌有经雕琢过的雪花石膏，类似玻璃般的效果。公元7世纪，英国的教堂和修道院已经出现了彩绘玻璃窗。公元675年，圣本笃·波斯哥［］从法国引进工匠，为在芒克威尔茅斯建造的圣彼得修道院窗户进行着色。公元8世纪以后，伊斯兰世界的一些清真寺和公共空间也开始以彩色玻璃装饰，基本以纯粹的几何设计为主，包含花卉和文字图案，不表现人物形象和宗教偶像。
彩色玻璃，花窗玻璃为西方建筑装饰品，常见于教堂，装置于建筑物墙面上。在伊斯兰教的清真寺，花窗彩色玻璃艺术也很常见。其作用原理是，当日光照射玻璃时，可以造成灿烂夺目的效果。而在电灯时代，夜间从教会内放射出的彩光，又是气象万千。
彩绘玻璃镶嵌画在罗马式时期已开始使用，但由于该建筑的窗户面积较小，因此没有明显的装饰效果；当圣德尼教堂开始建造时，窗户的面积大大增加，这是因为苏热要求教堂内有连续的彩色光线，玻璃画便成为哥特式艺术的组成部分